El CapitanにアップデートしたらMacのパーミッションの周りが変わったみたいでhomebrewが使えなくなりました。
手動でパーミッション変えたり、解決策はあるようでしたが、めんどくさいのでHomebrew自体を再インストールすることにしました。
まずはアンインストール
$ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/uninstall)"
そのあとインストール
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
これで再インストール完了です。